L'analyse des enregistrements dans les ensembles de données mis à jour détecte les erreurs potentielles, permettant aux gestionnaires de données de prendre des décisions opportunes sur la préservation des identifiants existants
Les améliorations apportées aux processus d'ingestion de données du GBIF permettront aux gestionnaires et aux producteurs de données de faire des choix plus judicieux et plus éclairés lorsque les mises à jour de leurs données modifient les identifiants uniques attribués à chaque enregistrement d'occurrence dans GBIF.org.
Les ID d'occurrence GBIF (gbifID) ne sont pas conçus comme des identifiants persistants. En fait, il s'agit simplement de la chaîne numérique utilisée pour former l'URL de toute occurre nce individuelle, par exemple 2284341217). Cependant, ces identificateurs fournissent souvent un moyen pratique et le meilleur disponible pour créer des références cohérentes et non ambiguës à ces enregistrements individuels.
Par conséquent, l'amélioration de leur stabilité peut aider les détenteurs de données et les chercheurs qui citent et relient des enregistrements de spécimens ou d'observations, alors même qu'ils attendent les résultats d'initiatives au sein de la communauté GBIF visant à développer un système mondial robuste d'identificateurs persistants uniques. (Cette problématique peut fournir une introduction aux détails techniques pour ceux qui souhaitent en savoir plus sur le sujet plus large.)
Avec l'introduction de ces améliorations back-end, lorsque les producteurs mettent à jour les ensembles de données, le pipeline de traitement des données analyse chaque mise à jour et alerte le service d'assistance du GBIF s'il détecte un nombre anormalement élevé d'identifiants modifiés. Le personnel peut ensuite examiner les données et travailler avec les producteurs de données pour confirmer si les modifications sont intentionnelles ou non. Le personnel du Secrétariat surveillera et affinera le seuil de déclenchement de ce processus au fil du temps.
Les producteurs de données modifient généralement les ID d'occurrence GBIF pour l'une des trois raisons suivantes :
- Mises à jour administratives reflétant les décisions politiques, telles que l'adoption de nouveaux identifiants (par exemple CETAF Stable Identifiers) ou de nouveaux modèles (par exemple institutionCode : collectionCode : catalogNumber), l'introduction du cryptage du site Web (par exemple http > https) ou des modifications du nom ou conditionnement des jeux de données.
- Erreurs involontaires causées par inadvertance dans les coulisses par des mises à jour logicielles, des scripts défectueux ou d'autres problèmes techniques.
- Manque de sensibilisation que l'introduction de modifications généralisées ou fréquentes des ID d'occurrence peut avoir des conséquences en aval pour les autres utilisateurs.
Dans le cas du premier exemple, le service d'assistance du GBIF dispose désormais d'un flux de travail permettant aux producteurs de données de coordonner les modifications administratives, de détecter les erreurs accidentelles et de préserver la provenance et la cohérence des enregistrements individuels sans créer de nouveaux identifiants d'occurrence.
« Le maintien de la stabilité des gbifID est essentiel pour renforcer la confiance dans la recherche et les systèmes dont elle dépend », a déclaré David Shorthouse, développeur de Bionomia, un environnement de conservation ouvert permettant de relier et de créditer les enregistrements de spécimens d'histoire naturelle aux experts qui ont collecté et identifié leur. « Toute amélioration de la durabilité et de la persistance des gbifID apporte plus de stabilité à Bionomia, plus de confiance dans les liens que nos bénévoles établissent et un plus grand potentiel pour effectuer des flux de travail aller-retour afin de réintégrer les améliorations numériques dans les systèmes de gestion des collections et d'autres magasins de données locaux. »
«Des identifiants d'occurrence stables sont une condition préalable pour faire correspondre les citations matérielles dans les publications aux occurrences et ainsi étendre l'accès et la connaissance d'une occurrence » a déclaré Donat Agosti, président du participant GBIF et producteur de données Plazi. « Ces correspondances constituent la première étape vers la révélation d'occurrences cachées dans les publications et la mise en relation des spécimens des collections d'histoire naturelle avec les traitements taxonomiques de leurs bibliothèques - un sujet brûlant actuellement soutenu par le projet BiCIKL financé par l'UE , les universités suisses et le Fond Arcadia. »
Avec ces changements en place, le GBIF va maintenant commencer à développer des outils qui surveillent la stabilité des identifiants d'occurrence par institution et par pays et aident les utilisateurs de données à évaluer si les identifiants répondent à leurs besoins.
Nymphe d'un papillon jaune des graminées à trois points (Eurema blanda subsp. arsakia), observée sur l'île de Taïwan. Photo 2022 via les données d'occurrence de la teigne de Taiwan collectées à partir du réseau social, sous licence CC BY 4.0.
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mercredi 5 octobre 2022
Les collections de conodontes de l’Ordovicien de plusieurs bassins argentins, dont la Cordillère Orientale, la Famatina et la Precordillera, permettent de reconnaître un groupe de conodontes qui déterminent un nouveau genre, ici appelé Condoro
Ordovician conodont collections from several Argentinian basins including the Eastern Cordillera, Famatina and Precordillera allow recognition of a group of conodonts that comprise a new genus here named Condorodus n. gen.
Citizen science programs in ecology have greatly developed in France since the 2000s. However, the diversity of skill levels of participants in such programs may prevent the design of complex protocols.
Allumer la lumière le soir sur la terrasse fait venir les papillons de nuit, c’est bien connu. Parfois des prédateurs profitent de l’aubaine. Et c’est une bonne occasion pour les observer.
Ce crapaud commun est venu faire une inspection en règle de la terrasse en début de nuit et puis est reparti dans le jardin.
Une mante religieuse est venue vers minuit par la voie des airs et s’est posée sur le mur éclairé. Je la retrouve au petit matin postée tête en bas sur le cable d’alimentation du piège lumineux.
Les grillons sont aussi de la partie. Je trouve au matin ce jeune grillon champêtre avec deux de ses camarades cachés sous un balai en compagnie d’une bonne quantité de pattes et d’ailes de petits papillons. Visiblement, ils ont aimé faire le ménage !
Un autre grillon juvénile pointe son museau. Il s’agit d’une autre espèce plus méridionale et moins répandue : le grillon bordelais. On le reconnaît notamment aux motifs sur sa tête. Cette espèce ne creuse pas de terriers contrairement au grillon champêtre. Si les grillons sont principalement phytophages, ils ne dédaignent pas de croquer à l’occasion quelques menus insectes, vivants ou morts.
Sharón Clark est née à Washington. Peu connue de ce côté de l’Atlantique, elle a eu l’occasion de se produire dans nombre de grandes salles des États-Unis sur un répertoire de gospel et de tourner en Turquie, au Kirghizistan, en Russie et en Israël. Formée au Berklee College of Music de Boston, elle remporta la Billie Holiday Vocal Competition de Baltimore en 2007, à 45 ans, quittant alors son travail de réceptionniste. Elle investit les 2 500$ de son prix dans la production de son premier disque de jazz. 20 ans après ses débuts discographiques avec « Finally », elle consacra ce second album à un hommage à Shirley Horn, la grande dame de Washington, disparue deux ans plus tôt.
Avec : Sharón Clark (vocal), Mattias Nilsson (piano), Nicola Sabato (contrebasse) et Philippe Maniez (batterie).
Salle Léo Ferré – 65, Avenue du Président F. Roosevelt – 94150 Chevilly-Larue
Premier concert et adhésion : 20€, concerts suivants : 10€, étudiants et apprentis : 5 €, les mineurs et les demandeurs d’emploi sont nos invités
Réservation obligatoire par courriel à jazzachevilly@free.fr
Bar – Assiettes repas (sur réservation à jazzachevilly@free.fr)
Ouverture des portes à 19h30 – Concert à 20h30
mardi 4 octobre 2022
Le Bulletin hebdomadaire de veille sanitaire internationale en santé animale (BHVSI-SA) est élaboré dans le cadre de la thématique Veille Sanitaire Internationale (VSI) de la Plateforme. Il est produit par un comité de rédaction regroupant des personnes de l’Anses, du Cirad, de la DGAl et de INRAE. Les informations, systématiquement sourcées, sont issues des notifications officielles des Etats, de sources non officielles (presse, internet) ainsi que d’un réseau national et international d’experts.
Le BHVSI-SA rapporte et met en perspective des signaux et des alertes en santé animale au niveau national et international. Il est publié chaque mardi et concerne les événements de la semaine précédente.
Ce bulletin n’engage que son comité de rédaction et non les organismes membres de la Plateforme. Pour toutes questions: plateforme-esa@anses.fr
Accédez à tous les BHVSI-SA
Six espèces du genre Achnanthidium Kütz.
Six species of the genus Achnanthidium Kütz.
Les efforts de traduction collaborative facilitent l'engagement avec les détenteurs francophones d'informations génomiques et métagénomiques
Les membres de la communauté des traducteurs bénévoles de cinq nœuds francophones du GBIF ont terminé la première traduction du guide, Publishing DNA-derived data through biodiversity data platforms, en français - Publier des données dérivées de l'ADN sur les plateformes de données sur la biodiversité.
Contribuant à l'effort de mise à disposition de cette documentation à la communauté francophone, Sofia Wyler du GBIF Suisse, a commenté le guide :
L'équipe transfrontalière de traducteurs et de réviseurs était composée de :
Publiée l'année dernière, cette documentation numérique vise à fournir aux détenteurs d'informations génomiques et métagénomiques des considérations pratiques pour refaire surface les occurrences dérivées de l'ADN dans les plateformes de données sur la biodiversité comme GBIF.org.
Le guide représente la prochaine étape des efforts du GBIF pour connecter son infrastructure de données et ses outils aux sources pertinentes d'informations génomiques et métagénomiques, en s'appuyant sur des collaborations avec la communauté UNITE, l'Institut européen de bioinformatique de l'EMBL (par le biais de ses archives européennes de nucléotides et de sa plateforme MGnify), et l'International Barcode of Life Consortium (IBOL).
Citation
Andersson AF, Bissett A, Finstad AG, Fossøy F, Grosjean M, Hope M, Jeppesen TS, Kõljalg U, Lundin D, Nilsson RN, Prager M, Svenningsen C & Schigel D (2022) Publier des données dérivées de l'ADN sur les plateformes de données sur la biodiversité (Wyler S, Braun P, Sinou C, Heughebaert A & Archambeau AS, Trans.). v1.0 Copenhague : Secrétariat GBIF. https://doi.org/10.35035/doc-vf1a-nr22. (Publié initialement 2021).
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En préparation de la Quinzième Convention des Parties (COP15) à la Convention des Nations Unies sur la Diversité Biologique (CBD), l'Alliance pour la connaissance de la biodiversité organise une consultation communautaire. Avec l'aide de partenaires-clés à travers l'interface science-politique, la consultation engagera les personnes impliquées dans l'élaboration d'indicateurs mondiaux et nationaux au titre du cadre mondial de la biodiversité (GBF) post2020 (GBF) et des variables essentielles de la biodiversité (EBVs) de la CDB.
Pour commencer la discussion, nous encourageons les membres de la communauté à lire le livre blanc, Primary biodiversity data and the Post-2020 Global Biodiversity Framework (Données primaires sur la biodiversité et le Cadre mondial de la biodiversité post-2020), qui donne un aperçu de la dépendance des cadres d'indicateurs précédents et futurs sur les données primaires sur la biodiversité.
Regardez l'enregistrement du webinaire de lancement
L'ordre du jour du webinaire constituera la base d'une consultation modérée de deux semaines abordant les thèmes suivants :
La discussion explorera comment améliorer les flux de travail autour des données primaires sur la biodiversité sur lesquelles reposent les indicateurs et les EBV et soulignera le rôle clé des réseaux d'observation de la biodiversité et des installations d'information dans la réalisation des objectifs du GBF.
La discussion s'est poursuivie jusqu'au 28 septembre 2022 à 09h00 CEST UTC+2.
Lieu : Virtuel
Date : 13 septembre 2022 15:00 - 16:30 UTC +02:00
Langue : Anglais
Bonnet saignant (Mycena sanguinolenta), observé en Norvège. Photo © 2020 Kirsti Anne Mandal via le Service norvégien d'observation des espèces.
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L'analyse des enregistrements dans les ensembles de données mis à jour détecte les erreurs potentielles, permettant aux gestionnaires de données de prendre des décisions opportunes sur la préservation des identifiants existants
Les améliorations apportées aux processus d'ingestion de données du GBIF permettront aux gestionnaires et aux producteurs de données de faire des choix plus judicieux et plus éclairés lorsque les mises à jour de leurs données modifient les identifiants uniques attribués à chaque enregistrement d'occurrence dans GBIF.org.
Les ID d'occurrence GBIF (gbifID) ne sont pas conçus comme des identifiants persistants. En fait, il s'agit simplement de la chaîne numérique utilisée pour former l'URL de toute occurre nce individuelle, par exemple 2284341217). Cependant, ces identificateurs fournissent souvent un moyen pratique et le meilleur disponible pour créer des références cohérentes et non ambiguës à ces enregistrements individuels.
Par conséquent, l'amélioration de leur stabilité peut aider les détenteurs de données et les chercheurs qui citent et relient des enregistrements de spécimens ou d'observations, alors même qu'ils attendent les résultats d'initiatives au sein de la communauté GBIF visant à développer un système mondial robuste d'identificateurs persistants uniques. (Cette problématique peut fournir une introduction aux détails techniques pour ceux qui souhaitent en savoir plus sur le sujet plus large.)
Avec l'introduction de ces améliorations back-end, lorsque les producteurs mettent à jour les ensembles de données, le pipeline de traitement des données analyse chaque mise à jour et alerte le service d'assistance du GBIF s'il détecte un nombre anormalement élevé d'identifiants modifiés. Le personnel peut ensuite examiner les données et travailler avec les producteurs de données pour confirmer si les modifications sont intentionnelles ou non. Le personnel du Secrétariat surveillera et affinera le seuil de déclenchement de ce processus au fil du temps.
Les producteurs de données modifient généralement les ID d'occurrence GBIF pour l'une des trois raisons suivantes :
Dans le cas du premier exemple, le service d'assistance du GBIF dispose désormais d'un flux de travail permettant aux producteurs de données de coordonner les modifications administratives, de détecter les erreurs accidentelles et de préserver la provenance et la cohérence des enregistrements individuels sans créer de nouveaux identifiants d'occurrence.
Avec ces changements en place, le GBIF va maintenant commencer à développer des outils qui surveillent la stabilité des identifiants d'occurrence par institution et par pays et aident les utilisateurs de données à évaluer si les identifiants répondent à leurs besoins.
Nymphe d'un papillon jaune des graminées à trois points (Eurema blanda subsp. arsakia), observée sur l'île de Taïwan. Photo 2022 via les données d'occurrence de la teigne de Taiwan collectées à partir du réseau social, sous licence CC BY 4.0.
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Si vous voyez un chameau, il faut vous inquiéter pour votre vue. C’est un papillon.
La chenille de Notodonta dromaderius, bizarrement bossue, peut en revanche faire penser à un chameau, avec beaucoup d’imagination. Ce Notodontidae vit dans les milieux boisés car ses plantes nourricières sont les bouleaux, les aulnes, les peupliers, les saules, les noisetiers et les chênes. Le papillon vole d’avril à septembre.
Retrouvez un autre Notodontidae :
Le Bucéphale
lundi 3 octobre 2022
Définissons ensemble les priorités et actions pour l'Île-de-France
Définissons ensemble les priorités et actions pour l'Île-de-France